У меня есть файл .Rmd для отчета, в котором используются следующие библиотеки: lubridate, plotly, DT, pracma, plyr, dplyr, Scales. Моя цель — разместить этот документ на ShinyApps.io, чтобы мой менеджер мог легко получить к нему доступ по ссылке. К сожалению, когда я пытаюсь выполнить развертывание, запустив следующий код:
rsconnect::setAccountInfo(name='myAccount',
token='myToken',
secret='mySecret')
library(rsconnect)
rsconnect::deployDoc('myFile.Rmd')
Он говорит, что развертывание прошло успешно, но загруженная веб-страница просто выдает ошибку. Вот что я получаю в своем журнале:
...
...
...
2019-08-13T02:29:26.571244+00:00 shinyapps[1080409]: Warning: Error in
library: there is no package called 'lubridate'
2019-08-13T02:29:26.577255+00:00 shinyapps[1080409]: 151: stop
2019-08-13T02:29:26.577257+00:00 shinyapps[1080409]: 150: library
2019-08-13T02:29:26.577258+00:00 shinyapps[1080409]: 148: eval
2019-08-13T02:29:26.577258+00:00 shinyapps[1080409]: 149: eval
2019-08-13T02:29:26.577259+00:00 shinyapps[1080409]: 143: evaluate_call
2019-08-13T02:29:26.577260+00:00 shinyapps[1080409]: 142: evaluate::evaluate
2019-08-13T02:29:26.577260+00:00 shinyapps[1080409]: 141: evaluate
2019-08-13T02:29:26.577261+00:00 shinyapps[1080409]: 138: call_block
2019-08-13T02:29:26.577261+00:00 shinyapps[1080409]: 139: block_exec
2019-08-13T02:29:26.577262+00:00 shinyapps[1080409]: 137: process_group.block
2019-08-13T02:29:26.577262+00:00 shinyapps[1080409]: 134: process_file
2019-08-13T02:29:26.577262+00:00 shinyapps[1080409]: 133: knitr::knit
2019-08-13T02:29:26.577263+00:00 shinyapps[1080409]: 132: <Anonymous>
2019-08-13T02:29:26.577263+00:00 shinyapps[1080409]: 127: <reactive>
2019-08-13T02:29:26.577264+00:00 shinyapps[1080409]: 111: doc
2019-08-13T02:29:26.577264+00:00 shinyapps[1080409]: 110: shiny::renderUI
2019-08-13T02:29:26.577265+00:00 shinyapps[1080409]: 109: func
2019-08-13T02:29:26.577265+00:00 shinyapps[1080409]: 96: origRenderFunc
2019-08-13T02:29:26.577266+00:00 shinyapps[1080409]: 95: output$__reactivedoc__
2019-08-13T02:29:26.577266+00:00 shinyapps[1080409]: 15: <Anonymous>
2019-08-13T02:29:26.577267+00:00 shinyapps[1080409]: 12: fn
2019-08-13T02:29:26.577266+00:00 shinyapps[1080409]: 13: rmarkdown::run
2019-08-13T02:29:26.577267+00:00 shinyapps[1080409]: 7: connect$retry
2019-08-13T02:29:26.577268+00:00 shinyapps[1080409]: 6: eval
2019-08-13T02:29:26.577268+00:00 shinyapps[1080409]: 5: eval
Для контекста lubridate — это первый пакет, который я пытаюсь загрузить в сценарии R. Я запускал код rconnect и пытался использовать кнопку публикации, но безрезультатно.
Я также следовал предложениям в этой теме, но безрезультатно: развертывание интерактивного документа Rmd с помощью Shinyapps.io
Кто-нибудь знает, что происходит? Правильно ли я подхожу к этой задаче? Если нет, то как это сделать? Наконец, если я действительно облажался здесь, есть ли альтернативный метод, который можно более легко/надежно использовать для размещения отчета .Rmd?
Обновление: журналы развертывания для тех, кто спрашивал
из моей консоли R:
> rsconnect::setAccountInfo(name='myAccount',
+ token='myToken',
+ secret='mySecret')
> library(rsconnect)
> rsconnect::deployDoc('myFile')
Discovering document dependencies... OK
Preparing to deploy document...
Update application currently deployed at
https://r3dp4nda.shinyapps.io/nf_subjective_measures/? [Y/n] Y
DONE
Uploading bundle for document: 1080409...DONE
Deploying bundle: 2313819 for document: 1080409 ...
Waiting for task: 638103202
building: Processing bundle: 2313819
building: Building image: 2452900
building: Installing system dependencies
building: Installing packages
building: Installing files
building: Pushing image: 2452900
deploying: Starting instances
rollforward: Activating new instances
terminating: Stopping old instances
Document successfully deployed to https://myAccount.shinyapps.io/myFile/
отshinyapps.io:
2019-08-13T14:13:56.809840+00:00 shinyapps[1080409]:
2019-08-13T14:13:56.809842+00:00 shinyapps[1080409]: Listening on http://127.0.0.1:37180
2019-08-13T14:14:03.507715+00:00 shinyapps[1080409]:
2019-08-13T14:14:04.240749+00:00 shinyapps[1080409]:
2019-08-13T14:14:04.240752+00:00 shinyapps[1080409]:
2019-08-13T14:14:04.240753+00:00 shinyapps[1080409]: processing file: NF_Subjective_Measures.Rmd
2019-08-13T14:14:04.252522+00:00 shinyapps[1080409]:
|
| | 0%
|
|... | 4%
2019-08-13T14:14:04.259030+00:00 shinyapps[1080409]: $ include: logi FALSE
2019-08-13T14:14:04.252728+00:00 shinyapps[1080409]:
2019-08-13T14:14:04.253325+00:00 shinyapps[1080409]:
|
|...... | 9%
2019-08-13T14:14:04.254679+00:00 shinyapps[1080409]: label: unnamed-chunk-1 (with options)
2019-08-13T14:14:04.256983+00:00 shinyapps[1080409]: List of 2
2019-08-13T14:14:04.258442+00:00 shinyapps[1080409]: $ eval : logi FALSE
2019-08-13T14:14:04.259044+00:00 shinyapps[1080409]:
2019-08-13T14:14:04.263676+00:00 shinyapps[1080409]:
|
|........ | 13%
2019-08-13T14:14:04.263722+00:00 shinyapps[1080409]: ordinary text without R code
2019-08-13T14:14:04.263943+00:00 shinyapps[1080409]:
|
|........... | 17%
2019-08-13T14:14:04.264450+00:00 shinyapps[1080409]: label: unnamed-chunk-2 (with options)
2019-08-13T14:14:04.252725+00:00 shinyapps[1080409]: ordinary text without R code
2019-08-13T14:14:04.264710+00:00 shinyapps[1080409]: List of 1
2019-08-13T14:14:04.265360+00:00 shinyapps[1080409]: $ echo: logi FALSE
2019-08-13T14:14:04.265372+00:00 shinyapps[1080409]:
2019-08-13T14:14:04.308108+00:00 shinyapps[1080409]: Warning: Error in library: there is no package called 'lubridate'
